近10年，我所共获得条件建设财政资金15,955.50万元，包括农业基本建设资金8,188.11万元，修缮购置专项资金5191.00万元，其它资金2,576.39万元。其中，“十二五”期间条件建设资金总量高达5400余万元，科研条件日益改善。
现有科研及科研辅助用房13000平方米，在建中试工厂总面积6600平方米。拥有国家重要热带作物工程技术研究中心基地部、国家引进国外智力示范单位、农业部热带香料饮料作物种质资源圃、农业部万宁胡椒种质资源圃、农业部香辛饮料作物遗传资源利用重点实验室、海南省热带香辛饮料作物遗传改良与品质调控重点实验室、海南省热带香料饮料作物工程技术研究中心和海南省农业科技110香料饮料专业服务站等国家和省部级科技平台8个，云南咖啡创新基地、万宁兴隆咖啡研究院等院地院企平台2个。
设有种质资源实验室、遗传育种实验室、栽培实验室、病虫害防控实验室、加工实验室及工程技术实验室等专用实验平台，拥有仪器设备总量700余台（套）、总价值6000余万元，其中高级荧光显微镜、四级杆-飞行时间质谱连用仪、电子鼻分析系统、串联气质联用系统、气相色谱-离子阱质谱联用仪、全二维气相色谱、超高效液相色谱、原子吸收等大型精密仪器设备72台（套）。
自建试验示范基地980亩，其中兴隆所本部基地600余亩，琼海大路六次产业基地280亩，万宁长丰基地24亩，万宁高龙基地84亩。
土壤与植物营养实验室
遗传育种实验室
作物栽培实验室
病虫害防控研究室
产品加工室
产品检测室