根据热带农业发展需求，立足以热带香料饮料作物为主、以热带木本粮食作物和热带功能性植物为辅的3大产业技术体系，与院级学科体系对应衔接，构建相对完整的所级学科体系。设立种质资源与遗传育种研究室、栽培与耕作研究室、病虫害防控研究室、产品加工研究室、热带作物工程技术研究室以及热带生态农业研究室共6大学科研究室，重点加强承担的食品工程、农业生态学、茶学、农业工程管理4个院二级学科建设，积极参与其他相关学科建设。以产业技术需求为导向，重点开展应用基础研究及部分基础研究，解决产业发展面临的共性关键技术问题，与产业技术体系相辅相成、互为补充，全面提升科技综合实力，为我国热带香料饮料作物产业升级、热区农村经济和社会可持续发展提供科技支撑。

    茶学，以苦丁茶、鹧鸪茶、糯米香、大叶种茶和奇兰茶等特色茶为研究对象，开展种质资源的收集保存及创新利用、产量构成因子、品质形成生理生化机理和病虫害绿色综合防控技术研究，建立高产优质茶园及标准化管理技术；开展特色茶功能性成份、营养成份分析及提取研究，机械高效加工工艺研究，特色茶产品质量安全控制技术研究四个方向。

    农业生态学，本学科立足热带特色作物与多样化自然环境资源，以“高产、高效、优质、生态、安全”为导向，以生态系统中能量多级循环利用与物质循环再生理论为基础，开展热带生态农业应用基础研究、技术研发与集成示范，促进热带生态农业理论创新与服务产业能力提升。重点建设生物多样性农业利用、农产品品质调控、作物-环境互作机理及调控、生态农业模式与区域管理对策以及农林生态系统结构与功能五个方向。

    食品工程，以热带农产品加工需求为导向，以国家经济建设和社会发展为目标，以服务三农为根本，强化热带农产品加工全产业链，重点建设食品加工与贮藏、食品化学及应用、功能性食品和食品生物技术四个重点研究方向。